El CUCEI cuenta con 22 programas educativos de licenciatura, de los cuales 18 son evaluables. De ellos, 17 están acreditados por un organismo externo. De los 22 programas 20 son presenciales y dos virtuales. Por su parte, 10 de las licenciaturas cuentan con el nivel I de CIEES. En consecuencia, el 91% de la matrícula se encuentra incorporada en programas de calidad.
División de Ciencias Básicas
| Licenciatura en Física | |
| Licenciatura en Matemáticas | |
| Licenciatura en Química | |
| Químico Farmacéutico Biólogo | |
| Ingeniería en Ciencia de Materiales |
División de Ingenierías
| Ingeniería Civil | |
| Ingeniería en Alimentos y Biotecnología | |
| Ingeniería en Topografía Geomática | |
| Ingeniería Industrial | |
| Ingeniería Mecánica Eléctrica | |
| Ingeniería Química | |
| Ingeniería en Logística y Transporte |
División de Tecnologías para la Integración Ciber-Humana

